計測器（カウンタや PLC ）と繋がっている場合は、外してください。

その状態で 5 Vであれば故障ではありません。

 

計測器の入力抵抗で、分圧されています。

 

下図は、ロータリエンコーダーの 出力抵抗 1 kΩ とカウンタの 入力抵抗 680 Ω の場合です。